Opis porečja
Reka Reka (imenovana tudi Notranjska Reka) je najdaljša ponikalnica klasičnega Krasa. Izvir in deli povirja so na Hrvaškem. Glavni pritoki so Mola, Bistrica, Sušica-Mrzlek, Padež in Sušica. Reka teče po Brkinski sinklinali iz neprepustnih eocenskih flišev, ki jih obdajata dve mezozoiski kraški formaciji. Voda severne formacije površinsko doteka proti Donavskemu bazenu, podzemno pa napaja kraški izvir Bistrica, ki je pritok Reke. Voda iz južne kraške formacije odteka proti Jadranskemu morju. Velikost povodja je 422 km², gostota vodotokov je na neprepustnem delu dobro razvite rečne mreže okrog 1.7 km/km². Ob njenem toku leži mesto Ilirska Bistrica in več vasi. Reka ponika v Škocjanskih jamah, ki so od leta 1986 na UNESCOvem seznamu svetovne dediščine. Nato podzemno teče do kraških izvirov Timava, ki se kmalu izlije v Tržaški zaliv. Reka je pomembna kot vir vode za preskrbo z vodo (npr. kraški izvir Bistrica) in pa tudi kot energetski potencial. Na pritoku Mola sta dva zadrževalnika s po 3.5 mio.m³.
 

Hidrološki in meteorološki monitoring na območju porečja
Na območju povodja in v neposredni bližini deluje več meteoroloških in vodomernih postaj. Večina meteoroloških postaj je padavinskih postaj z zbiranjem podatkov enkrat dnevno, postaja v Ilirski Bistrici pa je klimatološka. Na podlagi podatkov med letoma 1951 in 1998 znašajo enodnevne padavine z 1-letno povratno dobo 64 mm, s 100-letno pa 216 mm. Padavinske podatke daje tudi model ALADIN-SI (napoved) in meteorološki radar na Lisci. Od vodomernih postaj sta dve postaji (Cerkvenikov mlin in Trnovo) opremljeni z limnigrafom, ostale pa le z vodomerom (nekatere so tudi že opuščene).

Hidrološki režim
Nihanje pretokov po letnih obdobjih je znatno, najmanjši pretoki so poleti. Najnižji naravni pretoki so pod 200 l/s, ta voda je iz izvira Bistrica. Reka prične ponikati že 600 m pod vodomerno postajo Cerkvenikov mlin, tako da so Škocjanske jame v času suše brez vode. V letih 1982/83 so bile jame celo 120 dni brez tekoče vode, kasneje pa se je struga spet zablatila.

Hidrotehnični objekti na območju porečja
Vzdolž toka Notranjske Reke lahko najdemo večje število hidrotehničnih objektov. Tisti, ki so bili namenjeni izkoriščanju njenega energetskega potenciala, so danes večinoma že opuščeni. V Ilirski Bistrici so bili zgrajeni protipoplavni nasipi, ki varujejo industrijski predel mesta. Na izviru Bistrica in kilometer gorvodno od Cerkvenikovega mlina sta opuščeni vodarni. Znani so tudi predlogi, da bi Reko uporabili za preskrbo z vodo za Obalo.

Onesnaženost
Reka je bila dolgo časa med najbolj onesnaženimi rekami v Sloveniji. Od leta 1969 poteka sistematski monitoring kakovosti. Tako so bile v sedemdesetih letih izmerjene vrednosti BPK ob srednjih pretokih med 100 mg/l in 200 mg/l. Glavni vir onesnaženja sta bili kemična in lesna industrija. Stanje se je izboljšalo, ko sta bili zgrajeni akumulaciji Mola (leta 1983) in Klivnik (leta 1987), ki sta zagotavljali minimalni pretok Reke v Ilirski Bistrici v višini 800 l/s, in ko je industrija spremenila tehnologijo.